ศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็ก เริ่มต้นดำเนินงานตั้งแต่ปี พ.ศ.2524 ต่อมาวันที่ 30 เมษายน 2539 สำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติอนุญาตให้จัดตั้งเป็นมูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็ก มูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็ก ดำเนินการให้ความช่วยเหลือคุ้มครองเด็กถูกกระทำความรุนแรง เด็กได้รับการเลี้ยงดูโดยมิชอบรวมทั้งเด็กถูกแสวงประโยชน์ โดยประสานความร่วมมือกับสหวิชาชีพและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง นอกจากนี้ดำเนินงานด้านการป้องกัน โดยการส่งเสริมพัฒนาให้เด็กมีทักษะในการป้องกันตนเอง ส่งเสริมสนับสนุนให้บุคคลแวดล้อมเด็ก ได้แก่ ครอบครัว โรงเรียน ชุมชน ทำหน้าที่ในการเลี้ยงดู ส่งเสริมพัฒนาและปกป้องคุ้มครองเด็กให้ปลอดภัย ส่งเสริมให้คนในสังคมเข้ามามีส่วนร่วมในการสร้างสังคมเอื้ออาทรสำหรับเด็ก รวมทั้งการจัดการอบรมพัฒนาศักยภาพผู้ปฏิบัติงานที่เกี่ยวข้องทั้งภาครัฐและเอกชนให้มีความรู้และทักษะในการปกป้องคุ้มครองเด็ก
การพัฒนางานเชิงป้องกัน เพื่อลดปัญหาการละเมิดสิทธิเด็ก ในปี พ.ศ. 2539 มูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็กได้ริเริ่มแนวคิดงานป้องกัน และพัฒนางานต่อเนื่องจนถึงปัจจุบัน โดยในปี พ.ศ. 2540 ได้ริเริ่มดำเนินกิจกรรม “ตัวฉันเป็นของฉัน” เพื่อเสริมสร้างทักษะในการป้องกันตัวเองจากภัยทางเพศให้แก่เด็ก มีการพัฒนาคู่มือกิจกรรมตัวฉันเป็นของฉัน ต่อมาในปี พ.ศ. 2563 มูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็ก ได้พัฒนาคู่มือกิจกรรมตัวฉันเป็นของฉันขึ้นมาใหม่ พร้อมทั้งคลิปวิดีโอประกอบการจัดกิจกรรมในลักษณะหนังสั้นที่มีสถานการณ์ความไม่ปลอดภัยต่าง ๆ ซึ่งสอดคล้องกับสถานการณ์ที่เด็กอาจพบในชีวิตประจำวันได้ www.feelingyesnothailand.com
ในปี พ.ศ. 2546 ได้ริเริ่ม “โครงการโรงเรียนคุ้มครองเด็ก” โดยมุ่งเน้นให้โรงเรียนมีการจัดระบบความปลอดภัยในโรงเรียนมีการเฝ้าระวังและช่วยเหลือเด็กนักเรียนและมีการสร้างความสัมพันธ์อันดีในโรงเรียน มูลนิธิได้ประสานงานกับหน่วยงานระดับนโยบาย ได้แก่ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ และสำนักการศึกษากรุงเทพมหานคร ปัจจุบัน ปี พ.ศ. 2567 มีโรงเรียนเข้าร่วมโครงการโรงเรียนคุ้มครองเด็ก จำนวนทั้งสิ้น 663 โรงเรียน ข้อมูลเพิ่มเติม มาตรฐานโรงเรียนคุ้มครองเด็ก คู่มือครู https://www.thaichildrights.org/projects/project-current/safeschoolproject/
ในปี พ.ศ.2549 เริ่มดําเนิน “โครงการชุมชนคุ้มครองเด็ก” เพื่อพัฒนาให้ชุมชนนําร่องมีการดําเนินงานเรื่องการความปลอดภัย การส่งเสริมพัฒนาเด็กและครอบครัว และการดูแลเฝ้าระวังและช่วยเหลือเด็กในชุมชน โดยมีจุดเริ่มต้นในปีพ.ศ 2542 มูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็ก ได้ริเริ่มจัดกิจกรรมครอบครัวสัมพันธ์ ดำเนินการเรื่อยมาจนกระทั้งปี พ.ศ.2557 องค์การยูนิเซฟ ประเทศไทย ได้หารือกับมูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็ก เรื่องความร่วมมือในการพัฒนาระบบการคุ้มครองเด็กในระดับตำบล เพื่อสนับสนุนให้เกิดการปฏิบัติงานแบบวิชาชีพเรื่องการคุ้มครองเด็กในระดับตำบลภายใต้ชื่อ โครงการพัฒนาศักยภาพเจ้าหน้าที่และผู้ปฏิบัติงานในการคุ้มครองเด็กระดับตำบล โดยร่วมมือกับกรมกิจการเด็กและเยาวชน กระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ หลังโครงการเสร็จสิ้นกรมกิจการเด็กและเยาวชนนำแนวทางการจัดให้มีระบบคุ้มครองเด็กในระดับท้องถิ่นไปขยายผลในพื้นที่ให้ครอบคลุมในแต่ละจังหวัดข้อมูลเพิ่มเติม : คู่มือการดำเนินโครงการชุมชนคุ้มครองเด็ก : https://www.thaichildrights.org/multimedia/child-protection-community-manual/ถอดบทเรียนการดำเนินงานชุมชนคุ้มครองเด็ก : https://www.thaichildrights.org/multimedia/community-protection/
งานด้านการรณรงค์เผยแพร่อนุสัญญาว่าด้วยสิทธิเด็ก ส่งเสริมให้คนในสังคมเข้ามามีส่วนร่วมในการปกป้องคุ้มครองสร้างสังคมเอื้ออาทรสำหรับเด็ก ยุติการใช้ความรุนแรงต่อเด็ก มูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็ก มีการดำเนินงานเพื่อสร้างความตระหนักรู้ สร้างความเข้าใจต่อสาธารณะชนเพื่อร่วมกันดูแลปกป้องเด็ก ผ่านโครงการรณรงค์ ได้แก่ โครงการหยุดภัยให้หนู โครงการไม้ใหญ่ใจดี ร่วมสร้างความปลอดภัยให้กับเด็ก โครงการ SMART Family รณรงค์ให้ทุกครอบครัวใช้ชีวิตครอบครัวร่วมกัน โครงการสังคมไทยร่วมปกป้องสิทธิเด็ก โครงการรณรงค์ยุติความรุนแรงต่อเด็กทุกรูปแบบ และโครงการผู้พิทักษ์เด็ก..คุณก็เป็นได้ ซึ่งรณรงค์ให้บุคคลที่อยู่แวดล้อมเด็ก ตั้งแต่พ่อแม่ ผู้ปกครอง ครู คนในชุมชน คนในสังคม ประชาชนทั่วไปได้มีส่วนร่วมกันดูแล คุ้มครองให้เด็กได้รับความปลอดภัย ได้รับการเลี้ยงดูอย่างเหมาะสมตามวัยตามพัฒนาการ และสิทธิขั้นพื้นฐานที่เด็กควรจะได้รับตามที่อนุสัญญาว่าด้วยสิทธิเด็กสหประชาชาติระบุไว้ นอกจากนี้มีการผลิตสื่อรณรงค์ ได้แก่ อินโฟกราฟิก สารคดีสิทธิเด็ก 9 เรื่อง บันทึกเรื่องราวการดำเนินงานตามอนุสัญญาว่าด้วยสิทธิเด็กขององค์กรภาครัฐ และองค์กรพัฒนาเอกชนในประเทศไทย โดยมุ่งหวังให้คนในสังคมเข้าใจเรื่องของสิทธิเด็ก และร่วมกันปกป้องคุ้มครองเด็กให้ได้รับประโยชน์สูงสุด ตามที่ระบุไว้ในอนุสัญญาว่าด้วยสิทธิเด็ก
การพัฒนาศักยภาพผู้ปฏิบัติงานคุ้มครองเด็กมูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็กให้ความสำคัญการพัฒนาศักยภาพทีมสหวิชาชีพ ตั้งแต่ปี พ.ศ.2539 มูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็กเชิญผู้เชี่ยวชาญจากต่างประเทศมาให้ความรู้ทีมสหวิชาชีพ ซึ่งประกอบด้วยผู้ประกอบวิชาชีพและผู้ปฏิบัติงานคุ้มครองสิทธิเด็กทั้งหน่วยงานภาครัฐและองค์กรพัฒนาเอกชน ผู้เชี่ยวชาญด้านเด็กในประเทศไทยหลายคนได้มีโอกาสเรียนรู้จากการอบรมดังกล่าวข้างต้น จากประสบการณ์การทำงานของมูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็กกว่า 43 ปี หลังจากดำเนินงานในแต่ละโครงการจะมีการถอดบทเรียน พัฒนาเป็นหลักสูตร คู่มือการปฏิบัติงาน เพื่อส่งต่อให้ผู้ปฏิบัติงานที่เกี่ยวข้องได้เรียนรู้และนำไปปรับใช้ มูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็กให้ความสำคัญในการพัฒนาศักยภาพเจ้าหน้าที่และผู้ปฏิบัติงานคุ้มครองเด็กรวมทั้งบุคคลแวดล้อมเด็ก เพื่อให้สามารถส่งเสริมพัฒนาและปกป้องคุมครองเด็ก
ในปี พ.ศ.2567 มูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็กจึงจัดทำ หลักสูตรสิทธิเด็กและการคุ้มครองเด็ก ในรูปแบบบทเรียนอิเล็กทรอนิกส์ (E-learning) เพื่อให้พนักงานเจ้าหน้าที่คุ้มครองเด็ก ผู้มีหน้าที่คุ้มครองสวัสดิภาพเด็ก นักสังคมสงเคราะห์ ครู บุคลากรในกระบวนการยุติธรรม องค์กรพัฒนาเอกชน เจ้าหน้าที่และผู้ปฏิบัติงานที่ผู้เกี่ยวข้องและผู้สนใจ ได้เรียนผ่านระบบออนไลน์ เพื่อให้ผู้เข้าอบรมมีความรู้ความเข้าใจในเรื่องสิทธิเด็กและการคุ้มครองเด็ก การส่งเสริมให้บุคคลแวดล้อมเด็กมีความรู้ความเข้าใจจะทำให้เด็กปลอดภัยได้รับการส่งเสริมพัฒนาและได้รับการช่วยเหลือคุ้มครองตามกระบวนการและเป็นไปตามกฎหมายที่เกี่ยวข้อง